โรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้เปิดดำเนินการตั้งแต่เดือนธันวาคม 2561 ในภารกิจการรักษาผู้ป่วย และภารกิจที่เป็นโรงเรียนแพทย์ โรงพยาบาลมุ่งมั่นรักษาผู้ป่วยโดยไม่เลือกฐานะ และชาติพันธุ์ โดยมีขอบข่ายครอบคลุมทั่วทั้งภาคเหนือตอนบน และผู้ป่วยที่มาจากประเทศในอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง และยังมีฐานะเป็นโรงเรียนแพทย์ เป็นแหล่งฝึกปฏิบัติของนักศึกษาแพทย์ และสหวิชาชีพ เนื่องจากโรงพยาบาลเพิ่งเริ่มต้นใหม่มีความจำเป็นจะต้องเร่งรัดให้โรงพยาบาลมีความพร้อมในด้านบุคลากรทางการแพทย์ อุปกรณ์ และครุภัณฑ์ทางการแพทย์ รวมทั้งอาคาร สถานที่ เพื่อจะได้เติบโตไปเป็นโรงเรียนแพทย์ที่สมบูรณ์แบบโดยเร็ว
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้จัดตั้งมูลนิธิโรงพยาบาล ศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม 2562โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริม และสนับสนุนการดำเนินงานเพื่อ การพัฒนาด้านต่างๆ สนับสนุนการจัดหาครุภัณฑ์ และอุปกรณ์ทางการแพทย์ การก่อสร้างอาคาร การปรับปรุงภูมิทัศน์ ตลอดจนการศึกษา อบรม ค้นคว้า และวิจัยของบุคลากรโรงพยาบาล สำนักวิชาแพทยศาสตร์ สำนักวิชา ทันตแพทยศาสตร์ สำนักวิชาพยาบาลศาสตร์ สำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ และสำนักวิชาอื่นใดที่เกี่ยวข้อง และช่วยเหลือการรักษาพยาบาลผู้ป่วยทั่วไป และผู้ป่วยที่ขาดแคลนทุนทรัพย์ทุกระดับ เสริมสร้างการให้ความรู้ความเข้าใจในการดูแลสุขภาพและป้องกันโรคของประชาชน
